3 GEO中表达类型为Expression profiling by array到底是DNA还是RNA呢?

attachments-2018-03-ZQiQq4Rs5aa5e9a6790af.png从GEO里打开一个我们需要的GSE数据集,发现表达类型为Expression profiling by array,有的出现是DNA表达量,有的在summary中有明确提到是RNA表达量,可没提到的怎么区分呢??

下载这个数据集后的表达量为下图:

attachments-2018-03-CMvczzPl5aa5ea3d0ac0a.png能根据名字判定吗?如果是RNA表达量,怎么筛出lncRNA呢?

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1 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师

一般情况下探针都是RNA水平的,要筛lncRNA有两种方式

一、从GPL570的平台注释文件中寻找lncRNA

二、拿探针序列去做重注释

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  • 提出于 2018-03-12 10:48