GSEA分析结果中UP/DN的影响？恳请大侠解答，qq745081152，hjz005@163.com

我这个图，是拿高表达组vs低表达组，结果显示在“Genes down-regulated in myeloid-derived suppressor cells: bone marrow versus colon tumor.”中富集。

但是，在这个描述中，是下调的，“Genes down-regulated”或者说“DN”,这个对这个结果有影响吗？

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1 个回答

liuzhe 2017-07-31 13:31

刚刚看了你的描述，我不知道理解的是否正确，我先说一下我的理解啊

1、UP/DOWN的差异表达基因是你的输入吗？如果是的话，那么你的结果均为上调的那些基因富集到的功能类；其实，你可以发现，你的那些基因大部分都是富集在图的左侧，也就是‘high’。

2、你的那些UP的基因富集到的功能描述是‘down……’意味着你的那些上调的基因功能是与负向调控骨髓来源的抑制性T细胞密切相关的。

3、比较重要的一点是你需要检查几个值是否具有显著意义：NES、p-value和q-value，是否具有统计学意义。