Jason Y.J. Wei
Jason Y.J. Wei - 计算表观遗传学公众号
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性别: 黑龙江 - 哈尔滨 注册于 2017-10-13

擅长:生物信息学,表观遗传学,泛癌组学分析,生物数据平台建设

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2017-10-24 09:49 发表了文章

2017-10-17 10:17 回答问题

楼上的回答是正确的,input是控制信号,IP是处理信号,IP/Input可认为是校正过实验影响的信号值

2017-10-15 16:51 回答问题

官网地址: http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ source地址: https://github.com/arq5x/bedtools2 https://sourceforge.net/projects/bedtools/ 在这里下载吧

2017-10-15 09:30 回答问题

就你给出的GEO数据集编号,你可以通过直接获取Series Matrix File(s)【这个可以在页面下方Download family中找到】来得到处理好的甲基化谱,不用自己处理原始数据,链接如下:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE79nnn/GSE79277/matrix/关于CpG位点对应的表达谱,一般情况下不是这样讲的,通常是把CpG位点先比对到基因上,然后去考虑基因的甲基化水平(启动子区域)和基因的表达水平。

2017-10-15 09:14 回答问题

目前有很多关于mRNA和lncRNA的数据库,可以把表达谱重注释到相应的基因组区域中,实现mRNA跟lncRNA的区分,可参考的工具有bedtool

2017-10-14 18:49 回答问题

对于表达数据可以参考下这篇文献: Li P, Piao Y, Shon HS, Ryu KH. Comparing the normalization methods for the differential analysis of Illumina high-throughput RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2015;16:347. doi:10.1186/s12859-015-0778-7. 主要比较了8中非丰度的标准化方法(RC, UQ, Med

2017-10-14 11:02 回答问题

不同的数据集是可以进行合并分析的,不过最好做一下一致性分析,类似于同一个数据集中的不同样本的数据分布是相近的,有时候还需要进行数据的归一化处理,即调整不同数据集中的值域。

2017-10-14 09:21 发表了文章

2017-10-13 16:55 发表了文章