文章 - 第6页 - 生信人

森林图快速绘制工具——既不要编程又能直观的展示cox比例分析结果的工具来了！

1. 如果是以文件的格式将数据导入到云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件，否则小工具将无法运行。 2. 森林图不仅能展示单因素cox比例分险结果，同样能展示多因素cox比例分险结果

0
0
柚子
发布于 2020-05-26 09:25
阅读 ( 4753 )

免费领取泛癌研究视频了！还在等什么，赶快加小编微信吧！

之前答应给大家的泛癌视频今天终于可以领取了，已经在粉丝群里的老铁们，赶快私信小编，小编在会发给您优惠劵兑换码，然后按照下面的推文领取视频和资料

1
0
柚子
发布于 2020-05-15 09:53
阅读 ( 1965 )

告别繁琐 “傻瓜式”操作 >>计算肿瘤微环境<<

肿瘤微环境是肿瘤组织或细胞所处的细胞环境，它由免疫细胞，间充质细胞，内皮细胞，具有炎症介质和细胞外基质（ECM）分子[1-2]。在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值[3]。

0
0
柚子
发布于 2020-04-29 09:30
阅读 ( 2074 )

更新了！《TCGA数据下载的终极篇》

《TCGA数据下载的终极篇》

1
0
柚子
发布于 2020-04-28 10:41
阅读 ( 6343 )

GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了

我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中，并且每天同步更新，同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合，编排，方便大家下载与使用。

1
1
欢乐豆
发布于 2020-04-26 13:57
阅读 ( 7089 )

开怼：我免费提供单基因泛癌分析，你抄袭录个视频收费一千？那我也录套视频免费送！

我们整理了所有的TCGA数据，计算了所有的免疫微环境、微卫星不稳定性等等多种特征，整理了所有的临床信息，建立了一个傻瓜式的单基因泛癌分析工具，做到一键出图，并且是毫无保留的矢量图呢，并且还配了视频讲解视频https://www.bilibili.com/video/BV1s7411P7fS/：工具链接：http://sangerbox.com/AllTools?tool_id=9697971

0
4
柚子
发布于 2020-04-17 11:45
阅读 ( 4218 )

TCGA下载工具超级版，在线秒下载

终于TCGA数据下载的终结版上线了，下载地址如：http://sangerbox.com/TcgaDown 界面沿用了之前的风格，一张图秒懂：每种数据类型下载到个人中心后可以看到合并的数据和单个的原始TCGA下...

0
2
祝让飞
发布于 2020-04-16 20:40
阅读 ( 4912 )

文献解读（5）具有丰富瘤内CD103+CD8 + T细胞的胃癌免疫原性亚型的鉴定和验证

CD103 + CD8 + T细胞可能是预测胃癌患者预后和治疗效果的有用标志物。致力于增加肿瘤内CD103 + CD8 + T细胞频率可能是胃癌的一种新的治疗策略。

1
0
柚子
发布于 2020-04-14 15:38
阅读 ( 6903 )

文献解读（4）预测前列腺癌患者预后的新型分层框架

这些结果凸显了使用更复杂的方法来分析基因组数据的重要性，可能有助于药物靶向，并允许构建结合DESNT和其他临床因素的列线图用于临床管理。

0
0
柚子
发布于 2020-04-14 15:25
阅读 ( 2705 )

文献解读（3）这种网络竟然能预测胃癌生存和化疗获益的深度学习CT signature的开发和验证？

该研究开发并验证了基于深度学习的CT影像学特征，以预测切除的GC患者的生存率，这为当前TNM分期系统提供了额外的预后价值。此外，DeLIS分类器可以识别出从辅助化疗中获益最大的II期和III期疾病的高危患者。

0
0
柚子
发布于 2020-04-07 17:11
阅读 ( 2225 )

文献解读（2）基于MRI的放射学模型可在术前预测肝细胞癌患者的5年生存率

该研究构建了一个方便可行的放射学模型，该模型结合了MRI放射学signature和术前临床危险因素，可预测可切除HCC患者的5年生存率。

0
0
柚子
发布于 2020-04-07 16:53
阅读 ( 2174 )

文献解读（1）癌症干性，肿瘤内异质性和跨癌症的免疫反应

这篇文章整合多个数据集对癌症的干性、免疫应答和瘤内异质性进行了综合分析，发现了抗肿瘤免疫与肿瘤干性之间的普遍负相关，以及肿瘤干性与肿瘤内异质性之间显著的正相关。无论是研究所用到的数据还是研究所采用的方法以及思路都值得我们学习借鉴。

0
0
柚子
发布于 2020-04-07 16:41
阅读 ( 7779 )

2020年5+生信文章什么样？

话不多说，直奔主题。（看发表时间，很新鲜）这杂志大家也不陌生，都是老朋友了，生信友好型杂志。看看文章都干了什么： 1.故事背景作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队...

1
0
生信分析流
发布于 2020-03-30 11:33
阅读 ( 7749 )

建模的精髓：可靠性>方法

总结：这篇文章构建模型的方法非常简单，门槛不高。建模可以有很多角度：关键基因，诊断，复发风险，耐药，转移，预后等等等等数据可以有多种维度：mRNA miRNA lncRNA，CNV，SNP，甲基化等等等等要把更多的篇幅放在模型鲁棒性的检验上

1
0
生信分析流
发布于 2020-03-25 16:13
阅读 ( 2163 )

老师，您好。请教一下批量生存分析没有匹配到样本信息的原因

感觉自己的数据没有啥问题啊搞了好久都不知道问题出在哪儿，希望老师可以给我答疑，非常感谢！补充：1. 数据表达信息因为我是用limma分析差异表达miRNA的所以标准化时选择了log2处理，图4的三个miRNA是从差异表达的表里面选出来的。2. 临床信息中我的OS与前面两列的和不一样，我直接用了小工具给出的A1_OS 和A2_Event。不知道会不会有影响。

0
0
caowei
发布于 2020-03-17 12:35
阅读 ( 1348 )

在GEO数据库如何找带有预后信息的数据？一分钟搞定，适用于找任何的样本特征数据

GEO数据库是目前基因表达谱数据数据库之一、里面包含了各种物种的各种测序和芯片平台的数据。详情介绍可以参考这篇文章：https://shengxin.ren/article/454，在这里我们主要介绍怎么快速的获取 ...

12
5
祝让飞
发布于 2020-02-07 10:32
阅读 ( 14495 )

文献解读（8）CPC特有的DNAm标记的整合可保护一些年轻患者免于由不同原因造成的破坏性和永久性神经系统的损害

DNA甲基化谱分析可将CPTs细分为3个疾病亚组，而CPC特有的DNAm标记的整合可显著改善预后风险的预测，从而可做出明智的治疗决策，从而保护一些年轻患者免于由不同原因造成的破坏性和永久性神经系统的损害。

0
0
柚子
发布于 2020-01-06 15:21
阅读 ( 2222 )

作者通过对TCGA中32种癌症的10225例样本的分析，全面评估p53通路在这些癌症中的作用。发现TP53突变与增强的染色体不稳定性相关，包括癌基因扩增增加和抑癌基因深度缺失。TP53突变的肿瘤在RNA、miRNA和蛋白表达模式上与未突变的肿瘤不同，突变的TP53肿瘤表现出细胞周期进展基因和蛋白的增强表达。在11种癌症类型中，突变的TP53 RNA表达特征显示与生存率降低显著相关。因此，TP53突变对肿瘤细胞基因组结构、表达及临床前景具有重要的影响。