用GEO数据不做实验不用编程轻松发两三分的文章

    GEO是目前常用的数据库中收纳数据量最为全面的数据库之一,我们本次基于GEO数据开展一篇生信类型的文章,进行解读、复现、拓展三个方面的解析。     我们本次的总是就是PC端做生信,实现零...

蛋白互作网络挖掘,轻松获取关键网络模块

这一讲,主要讲解蛋白互作网络构建以及结果优化,那么同样也是我们本次GEO数据挖掘系列的最后一讲,从开始文件章解读到文章中的每一步的分析操作,我们都通过零编程来实现完成,这里避免大家在...

KEGG富集分析还可以这么美化

上一讲,讲解富集方法以及结果的可视化,那么这堂课为实战篇复现以下文章中的结果,并使用cytoscape美化可视化结果。 1、开始画面,一如既往的是操作步骤流程图 2、文章中KEGG结果部分解读...

做富集分析不一定非得用R,结果依然秀色可餐

    那么经过前面一系列的操作后,终于拿到我们需要的差异基因,下面就要开始这些差异基因的表演了,估计大家首先想到就是这些基因有一个什么功能,首选就是KEGG和GO富集分析,目前大家常用的是...

多套数据集我们分别筛完了差异该怎么去整合?

    之前讲到通过DEcenter做差异分析,利用多套数据集都得到各自的差异基因,简单粗暴的可以通过Veen图的方法观察多套数据集中同时差异的基因,但是这样非常容易丢失一部分差异基因,那么如何温...

手把手五分钟教会你如何做GESA富集分析

本节分析是文章中所没有提到的分析,作为我们文章外的拓展知识扩充进来,那么小编最近也是看到有些小伙伴也在问关于GESA的相关问题,那么这里就是给大家做出了演示以及怎么分析、结果怎么解读哦...

GEO数据挖掘之火山图和热图绘制

那么数据预处理、数据标准化都已搞定,接下来进入数据分析阶段,那么本节主要怎么通过sangerbox中的DEcenter进行差异分析、根据差异分析结果使用火山图工具以及热图绘制工具。 1、首先让我们看...

GEO数据挖掘之标准化及箱线图绘制

本节课主要讲解数据标准化,基于我们上一讲的数据预处理中使用RMA工具提取基因表达普数据,重现文章中的标准化结果,以及零代码实现标准化数据和箱线图绘制工具使用说明。 1、本节所讲内容如...

桑格助手帮你更轻量级的检索信息

有那么一个公众号,不管你撩还是不撩,他都在那里,没有几次推送,但是当你需要知识时,他就会出现在你身边。 比如我想知道cox是什么,就回复cox如下: 他把生物医学领域几百个公众号教程啃...

SangerBox使用配置详注

非常好用的sangerbox终于上线了,集成几十款小工具,让你轻松做科研

  • 1
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-12 18:10
  • 阅读 ( 273 )

GEO数据挖掘之数据预处理

一套万金油GEO数据处理方式,对于下载Series Matrix File和MINiML formatted famliy file文件信息解读和便捷处理方法,绝对是分析新手的制胜法宝。 1、万金油处理思路; 2、Series Matrix F...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-08 11:48
  • 阅读 ( 103 )

GEO数据挖掘之原始数据下载

复现文章第一步,GEO数据下载,这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读,包...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-08 10:23
  • 阅读 ( 141 )

GEO数据挖掘开篇之文章解析

解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》(影响因子2.612)一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。 文章思路: 1、使用三套GEO数据;...

  • 0
  • 0
  • 调研图
  • 发布于 2018-06-07 23:24
  • 阅读 ( 235 )

GEO数据表达矩阵标准化前后箱线图制作

以文章Identification of differentially expressed genes and signaling pathways in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis的Figure1为例,简单几分钟制作如下图效果: 基本...

  • 1
  • 2
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-26 23:22
  • 阅读 ( 404 )

做重注释的简单思路记录一下

做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯...

  • 0
  • 2
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-21 17:03
  • 阅读 ( 180 )

生信人VPN定制化客户端

免费上谷歌,上谷歌学术的工具,帮你科学上网

  • 1
  • 1
  • admin
  • 发布于 2018-05-10 18:27
  • 阅读 ( 111 )

RankComp包算法解析

数据准备: 1、表达矩阵,比如300个样本,20000个基因 2、表达矩阵分成癌症样本矩阵假设200个样本(C)和正常样本矩阵假设100个样本(E) 3、取正常样本矩阵E 4、取表达谱矩阵E中的任意基因g...

  • 0
  • 2
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-01 19:27
  • 阅读 ( 225 )

文章解读:乳腺癌甲基化分型的TCGA公共数据挖掘文章思路解析

这是一篇发表在五分多的杂志上的纯生信的文章,思路清晰,数据获取简便,在其他的癌症的分析中可以套用。

  • 2
  • 0
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-01 15:04
  • 阅读 ( 1042 )

多因素回归模型简易分析工具

内嵌视频 正在内测中,请勿扫码。

  • 1
  • 0
  • 祝让飞
  • 发布于 2018-04-10 21:48
  • 阅读 ( 796 )

水稻微生物组时间序列分析

中科院遗传发育所揭示水稻全生育期根系微生物组的变化规律图文详解水稻根系微生物随时间变化吗?微生物组随时间变化的规律哪些菌门随时间呈现规律变化呢?哪些菌可以作为生育时间的biomarkers?猜...

  • 0
  • 2
  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-04-10 21:13
  • 阅读 ( 341 )