一行命令从cds的fasta序列转换成bed
数据来源：
http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas
转换成bed命令：
grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'...
数据来源：
http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas
转换成bed命令：
grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'|awk -F ':' '{print $1"\t"$2}'|awk -F '(' '{print $1$2}'|awk -F ')' '{print $1"\t"$2}'|perl -npe 's/(.*)([0-9]+)\-([0-9]+)(.*)/$1$2\t$3$4/'|awk -F '\t' '{print $1"\t"$2"\t"$3"\t"$5"\t200\t"$4}'>Teatree_CDS.bed
看起来命令很复杂，其实就是awk各种组合，然后再加了个perl替换
- 发表于 2018-01-21 16:17
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- 分类：软件工具
