如何提升系统进化树的颜值？
今天给大家介绍一个简单的在线工具，教你如何绘制高颜值的进化树。
1.Evolview简介
Evolview可在线进行系统进化分析，简约而不简单。能够标注较复杂的注释信息，可导出多种格式的文件，包括pdf、svg、tiff、png，而且绘制完成的进化树可永久性的保存在网站里，也可进行共享。心动了吧，那快猛戳这里，http://www.evolgenius.info/evolview
根据小编的经验，建议各位使用 Google 浏览器，用其他浏览器导出的文件可能会不完整。
首先，我们要注册账号，见下图：
2.输入文件准备
需导入Newick、NHX、PhyloXML和Nexux等格式的纯文本文件（plain text files），比如MEGA等软件输出的Newick文件，见下图：
3.进入操作界面
工具栏包括基本设置、高级设置、添加注释信息和导出文件。网站首页有17个DEMOS和5个SHOWCASES供大家参考学习：
(1)导入文件
(2)设置分支颜色
格式：location，color，commands，共三列，由制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
color—颜色的名称
commands—控制命令（可不设）
示例：
控制命令说明：
ad—应用到所有分支和叶节点
prefix—应用到以第一列字符起始的所有叶节点上
suffix—应用到以第一列字符结尾的所有叶节点上
anywhere—应用到包含第一列字符的所有叶节点上
toroot—应用到从叶节点到根节点的所有分支上
(3)设置标签及其背景颜色
命令格式与设置分支颜色类似
(4)设置标签装饰
格式：location shape,color[:stroke_color]
至少有2列：由制表符分隔。可以设置多列，格式和作用与第2列相同，即一个标签可以设置多个装饰图形。
形状类型：triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形)
location—一个叶节点的名称
shape,color[:stroke_color]—装饰形状（shape），填充色（color），边框色（stroke_color）。
注意：勾形只能为纯色。
(5)设置分组标签
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
label—颜色的名称设置文字标签（text=label，必须）和格式参数（color可选）
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!groupLabel”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
格式参数列表
示例：
(6)设置Bootstrap值(注：进化树必须含有bootstrap值)
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
bootstrap值范围—一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值
bootstrap值的显示格式参数
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!bootstrapValueStyles”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
(7)个性化设置
在图中添加柱状图、热图、点图、箱线图等。
可点击进入帮助页面查看详情，见下图。
最后，高颜值的图就诞生啦！
这项神技能，你get了吗？
- 发表于 2018-01-17 17:28
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- 分类：软件工具
