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cBioportal (含TCGA)数据的分组与下载

TCGA基因表达的数据分组、数据下载

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• weilong 发布于 2023-02-01 13:21

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最新5+套路：免疫基因对已成过去式，新的对子再次出发！细胞与细胞相互作用换个角度看肿瘤预后

说起了小编很感慨，在19年的时候我们推出了免疫基因对的思路，并且当时做了好些个大肿瘤，伴随着早先的文章见刊，后面被录成了套路视频，各种层出不穷的基因对如火山般的爆发，尽管这个套路我们...

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• admin 发布于 2021-10-18 14:29

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TCGA数据库

博士磕磕绊绊读到了第三年~ 终于进入了出成果的阶段了，也对生信这个学科建立了一些系统的理解，觉得应该做一些系统的梳理和记录了（虽然这个宏图大志从博一就有了但没有知识积累又懒。那么就从...

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• cyn-111 发布于 2021-01-19 01:02

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TCGA下载工具超级版，在线秒下载

终于TCGA数据下载的终结版上线了，下载地址如：http://sangerbox.com/TcgaDown 界面沿用了之前的风格，一张图秒懂： 每种数据类型下载到个人中心后可以看到 合并的数据 和 单个的原始TCGA下...

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• 祝让飞 发布于 2020-04-16 20:40

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生信文献解读（1）多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析，使用差异表达，生存分析，功能富集等生信方法，最终识别出了PDAC的预后标志物。

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• 柚子 发布于 2019-08-26 13:15

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生信扯上免疫相关就是容易上五分啊

肿瘤微环境细胞和肿瘤中浸润免疫和基质细胞的程度对预后有显着贡献，在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的；基于ESTIMA...

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• 祝让飞 发布于 2019-03-11 20:53

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这篇五分多的signature建模文章有点机智啊

最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature，这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇...

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• 祝让飞 发布于 2019-03-11 14:34

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如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？ 这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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• 祝让飞 发布于 2019-02-22 12:10

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TCGA简易下载工具V16版升级详细教程

主要优化了三个方面： 一、miRNA数据合并时同时合并出两个矩阵，一个是counts的，一个是FPKM的 二、支持拷贝数变异的数据合并，可以用来直接跑GISTIC 三、优化了临床随访信息中疾病进展状态...

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• 祝让飞 发布于 2018-12-11 14:01

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数据挖掘系列二开篇如何构建CeRNA

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本讲非常详细解读基本TCGA数据库为后续分析打下一个坚实基础。

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• 调研图 发布于 2018-11-16 11:14

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TCGA现有数据汇总

今天看到一篇帖子， 193种已发表植物基因组汇总，简简单单多余的东西一概没有。唤起了我很多最初的想法和感动，见贤思齐，把我整理过的东西也发一发。 截止 2018年GDC的最新一次更新后

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• 生信分析流 发布于 2018-08-23 18:34

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简易矩阵操作工具使用教程

为了临床的童鞋更方便的处理大的表格矩阵，我们开发了一款简易的矩阵操作工具来对大的表格矩阵进行简单的数据处理 该简易矩阵操作工具主要包括以下几个功能： 1、从大的矩阵文件中提取指定列...

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• 祝让飞 发布于 2018-08-21 21:34

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2篇五分数据分析文章教你怎么正确的利用CeRNA假说

在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了，他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景，我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA，是一种能够竞争结...

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• 祝让飞 发布于 2018-08-17 14:38

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警告：TCGA 官网下载甲基化注释文件错误！！！

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致，顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208；查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上，这...

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• 祝让飞 发布于 2018-08-08 20:28

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UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

下载UCSC Xena公开数据集

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• 王诗翔 发布于 2018-08-07 15:36