下载TCGA counts数据后用EdgeR做差异分析，后续如果计算lncRNA与mRNA表达的相关系数，是用哪种数据呢？

1、可以用EdgeR包里面的calcNormFactors，estimateCommonDisp，estimateTagwiseDisp标准化出来的结果直接计算Pearson相关系数吗？FPKM可以吗？

2、EdgeR标准化出来的数据，有一些值为0的数据，计算相关系数的时候需要处理吗？

3、计算相关系数，需要log2变换吗？

4、lncRNA的丰度相对较低，和mRNA算出来的相关系数会不会偏大？

问题比较多，希望有一起学习的通道加qq522314536一起讨论一下~~

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2 个回答

祝让飞 - 生物信息工程师 2017-11-21 20:07

1、可以

2、正常可以忽略，如果很多0的话需要去掉

3、变不变换结果差不多

3、lncRNA丰度低，太多0的去掉，其他的正常计算木有太大关系

qfqyy 2018-03-24 08:18

也解答了我的疑惑。