15 大家如何评价GPL570检测lncRNA表达呢,它的数据与TCGA数据比起来没有任何突出的优点吗?现在不能用了吗,望指点,谢谢!

之前用GEO数据(GPL570平台)分析了一个肿瘤的差异mRNA和lncRNA。数据集是针对mRNA的,但是还是有少量的lncRNA,所以就一起分析了,然后审稿人质疑GPL570(Affymetrix HGU133 Plus 2)检测lncRNA的可靠性。芯片本身lncRNA的探针有1600+,最后筛选出的差异lncRNA就只有100多个(ಥ_ಥ),然后询问是否可以转向使用TCGA数据,这样结果更令人信服。那我是不是就得用TCGA数据重新做?但是这样毕竟耗时间啊,改数据的话文章基本重做了,感觉改动好大啊。我不想改数据啊,大神们有没有中肯的建议?跪谢!

请先 登录 后评论

最佳答案 2018-05-08 19:06

使用TCGA的数据去验证你目前的结果,做一下差异对比,如果一致就可以了。

请先 登录 后评论

其它 0 个回答

  • 1 关注
  • 0 收藏,97 浏览
  • 提出于 2018-05-07 22:47