6 个回答
你好，bedtool工具下载不了？应该怎么弄？
官网地址： http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ source地址： https://github.com/arq5x/bedtools2 https://sourceforge.net/projects/bedtools/ 在这里下载吧
回答于 2017-10-15 16:51
高通量测序数据中，CpG甲基化谱的获取
就你给出的GEO数据集编号，你可以通过直接获取Series Matrix File(s)【这个可以在页面下方Download family中找到】来得到处理好的甲基化谱，不用自己处理原始数据，链接如下：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE79nnn/GSE79277/matrix/关于CpG位点对应的表达谱，一般情况下不是这样讲的，通常是把CpG位点先比对到基...
回答于 2017-10-15 09:30
你好，在请教您一下，下载的基因表达谱数据数据里面怎么区分是mR...
目前有很多关于mRNA和lncRNA的数据库，可以把表达谱重注释到相应的基因组区域中，实现mRNA跟lncRNA的区分，可参考的工具有bedtool 另外还可参考的问题是：https://www.shengxin.ren/question/288
回答于 2017-10-15 09:14
你好，谢谢您刚才的回答，再请教您一下，数据集之间如何进行归一...
对于表达数据可以参考下这篇文献： Li P, Piao Y, Shon HS, Ryu KH. Comparing the normalization methods for the differential analysis of Illumina high-throughput RNA-Seq data. BMC Bioinformatics. 2015;16:347. doi:10.1186/s12859-015-0778-7. 主要比较了8中非丰度的标准化方法（RC, UQ, Med, TMM, DESeq...
回答于 2017-10-14 18:49
请教一下，例如：GEO下载下来7个数据集，每个数据集的样本可以合...
不同的数据集是可以进行合并分析的，不过最好做一下一致性分析，类似于同一个数据集中的不同样本的数据分布是相近的，有时候还需要进行数据的归一化处理，即调整不同数据集中的值域。
回答于 2017-10-14 11:02