热门的文章 - 第9页

R语言基础绘图——面积图

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爽儿
发布于 2017-07-25 08:51
阅读 ( 10072 )

RNA pull down实验原理及操作步骤

RNA pull down原理-先将体外转录的RNA结合到Beads上，再将RNA-Beads和细胞裂解液孵育，这样与目标RNA结合的蛋白便会一起吸附在Beads上。洗涤掉不结合的蛋白后，用洗脱液将RNA-protein复合物从Beads洗脱下来，之后可以采用Western Blot技术检测特定的结合蛋白，还可以采用质谱方法鉴定与目标RNA结合的未知蛋白。

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辉骏生物
发布于 2021-04-25 16:26
阅读 ( 10064 )

ggbiplot-最好看的PCA作图：样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关

写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接，点开一看居然是一条命令出帅图，真是太实用了。我立即使用本...

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刘永鑫
发布于 2017-12-23 09:27
阅读 ( 10060 )

RegulomeDB和HaploReg数据库：后GWAS时代的数据整合

RegulomeDB和HaploReg数据库提供了将大量基因组学数据与非编码突变整合的思路。

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Bryce
发布于 2017-12-05 12:33
阅读 ( 9982 )

全基因组重测序数据分析过程介绍

1. 简介(Introduction) 通过高通量测序识别发现de novo的somatic和germ line 突变，结构变异-SNV，包括重排突变（deletioin, duplication 以及copy number variation）以及SNP的座位；针对重排...

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SXR
发布于 2017-04-05 09:56
阅读 ( 9965 )

Nature：拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

本网对Markdown排版支持较差，请跳转植物微生物组公众号阅读背景介绍在近年来，随着宏基因组技术的发展，对原核生物的纯培养逐渐被忽视，但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。本...

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刘永鑫
发布于 2017-10-13 11:57
阅读 ( 9939 )

R语言聚类分析--cluster, factoextra

R语言聚类分析--cluster, factoextra 本文转载自“R语言中文社区”，己获授权，宏基因组公众号编辑对内容进行测试、修改及补充。原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/M_rJqcHz6HUlGIHVeN4RkQ...

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刘永鑫
发布于 2018-02-06 20:51
阅读 ( 9883 )

好用的在线GO富集分析工具

点击上方蓝字关注生信宝典，换个角度学生信。GeneOntology富集分析是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。

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shengxinbaodian
发布于 2018-08-23 19:13
阅读 ( 9843 )

利用RNA数据识别SNP

今天跟大家分享一篇16年发在核酸研究上的在不借助参考基因组的情况下，利用转录组数据进行SNP分析的文章。一、摘要 SNP是遗传标记，其识别对于关联分析至关重要。但是目前的分析更多的依赖...

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SXR
发布于 2017-03-30 21:45
阅读 ( 9837 )

ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变...

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刘永鑫
发布于 2018-02-17 14:49
阅读 ( 9816 )

记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了，新版改版之后已经没有了这样的数据，找到下载不容易，且行且珍惜。

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祝让飞
发布于 2017-03-31 11:48
阅读 ( 9784 )

riverplot绘制桑基图

桑基图是一种方便说明信息、资源流动和图形，图形中的分、合正如漂流的分叉与汇合，如可用于比较不同簇间关系，可以用来表示各个节点之间转换。 Sankey plots are a type of diagram that is c...

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刘永鑫
发布于 2018-02-22 16:10
阅读 ( 9772 )

生存分析——SPSS

应用SPSS软件对已有数据进行生存分析

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爽儿
发布于 2017-08-21 12:20
阅读 ( 9657 )

作者通过对TCGA中32种癌症的10225例样本的分析，全面评估p53通路在这些癌症中的作用。发现TP53突变与增强的染色体不稳定性相关，包括癌基因扩增增加和抑癌基因深度缺失。TP53突变的肿瘤在RNA、miRNA和蛋白表达模式上与未突变的肿瘤不同，突变的TP53肿瘤表现出细胞周期进展基因和蛋白的增强表达。在11种癌症类型中，突变的TP53 RNA表达特征显示与生存率降低显著相关。因此，TP53突变对肿瘤细胞基因组结构、表达及临床前景具有重要的影响。

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柚子
发布于 2020-01-02 16:28
阅读 ( 9518 )

一个在线绘制热图的工具

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SXR
发布于 2017-03-30 21:48
阅读 ( 9317 )

一行命令从cds的fasta序列转换成bed

数据来源： http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/data/cds/Teatree_CDS.fas 转换成bed命令： grep '>' Teatree_CDS.fas |awk -F '>' '{print $2}'|awk -F ' ' '{print $3"\t"$1}'...