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TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要lncRNA与miRNA的关系对构建。
TCGA简易下载工具上线一周,有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据,也有部分同志反应了一些问题,也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本,经过六次的更新,也解决了不少在极端情况下的下载使用问题,现在总结一下问的比较多的软件问题
Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15:579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述,翻译转载自"...
研究基因功能的人建个树,需要找近缘物种、外类群十几至几十个物种,费N天的劲才能做个树。而宏基因组领域的人不用去收集其它物种,因为研究的对像本身就有几百到几千的物种,为了方便阅读或展示主要信息,我们反而会挑选结果中前100以内的物种去分析并展示。这是我们绝对的优势。
如何利用生信人工具把坑踩完,完成筛选差异。
在我们的组学研究中经常会遇到各种相关性,今天这款小工具专注解决各种矩阵相关性问题,老司机不多说赶紧上车 软件界面如下: 一目了然,输入矩阵即可继续行的相关性或者列的相关性,可以选择...
R语言基础绘图——3D散点图
共线性研究的好软件。
EVM很好的基因预测整合软件。
水平基因转移简单介绍
便捷ID转换器-V3使用教程
共享小工具,助力科研系列,响应广大坚持在一线科研的同志们的号召,提供生信人小工具,工具的主旨是无需安装,便捷易用,一目了然,本文专用小工具下载链接 1、GEO转换器: win64位:百度云...
下载、处理及初步分析TCGA level3的RNA-seq数据
双向电泳(Two-dimensional electrophoresis)的基本原理是利用蛋白质的等电点(pI)和分子量(Mr)不同而分离蛋白质:第一向电泳——等电聚焦(Isoelectric Focusing,IEF)根据蛋白质的等电点不同将蛋白质分离,第二向电泳——十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(Sodium Dodecyl Sulfate-Polyacrylamide Gel Electrophoresis, SDS—PAGE)利用蛋白质的分子量大小不同将蛋白质分离。
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
以TCGA简易下载工具下载数据为例,首先下载工具下载之后合并矩阵会得到一个名字为:Merge_matrix.txt 的矩阵 矩阵格式上满足本工具的要求: 打开本工具界面极其简单如下: 从图中可以看...
文章投稿,除了文好当然还要“颜好”!在这个看脸的世界,为了给文章加分,各位老师学生也是做足功课了!但是不会编程敲代码?——那必须学学各种绘图小工具了。
话不多说,今天来安利一篇老少皆宜的数据挖掘的非编码RNA的“五分以上”文章,标题:Identification of a RNA-Seq based prognostic signature with five lncRNAs for lung squamous cell carcinoma,本文思路清晰,实现简单。