N50多少,证明组装的好?

N50如何评估组装效果

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-06 09:42
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如何提问才能获得更多回答

爱因斯坦曾说:“提出一个问题往往比解决一个问题更为重要,因为解决一个问题也许只是一个数学上或实验上的技巧问题。而提出新的问题、新的可能性,从新的角度看旧问题,却需要创造性的想像力,而且标志着科学的真正进步。”

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  • admin
  • 发布于 2017-03-28 20:55
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R来完成表达芯片分析全流程-有笔记有视频

需要学R语言,一站式学会表达芯片处理

叶绿体组装策略

小编在此主要介绍一下一篇文献中叶绿体组装策略,毕竟现在好多植物完成测序,从里面捞点叶绿体数据自己组装发篇小文章还是可以的,嘻嘻。 背景 第二代测序虽然也能完成对整个基因组序...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:54
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StringTie:一个转录组软件

新的转录组标表达定量软件

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 15:27
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TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1: 有多个FPKM文件如: 打开软件,点击“选择多个文件”按钮,然后选择要转换的FPKM样本,当然值得注意的是左侧的复选框,复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法,我...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-01 17:07
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Nature:如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”,己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象,高盐饮食已经成为高血压以及心...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-23 19:53
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Nature Reviews:拥抱未知:解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15:579-590 (2017) 本文今年8月21日在线发表的综述,翻译转载自"...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-28 12:57
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一个在线绘制热图的工具

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:48
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Cytoscape——美化

Cytoscape美化

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 13:01
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PICRUSt:16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限,一般找到差异OTU,就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢?很多人在这方面做出了努力。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:02
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桌面版SCI-Hub,简单易用,再也不用担心找不到可用的SCI-hub网址了

最近SCI-Hub风雨飘摇,今天收藏的网址明天就不能用了,心碎的很,某程序员同学一机灵就弄了个桌面版的SCI-Hub,丢到了工具盒中

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  • 调研图
  • 发布于 2017-12-22 11:08
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宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2:官方中文帮助文档

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版),采用python3全新编写,并于2018年1月全面接档QIIME,是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准,我们跟着用就好了)

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:09
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推荐一个软件:GFFview

A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome 大家好,今天给大家推荐一款软件,GFFview ,顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。 相信...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-03 10:31
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ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献和相关

写在前面 https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md 前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接,点开一看居然是一条命令出帅图,真是太实用了。我立即使用本...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-23 09:27
  • 阅读 ( 1124 )

Vcf文件怎么看?

vcf怎么看

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  • 百迈客
  • 发布于 2017-04-07 10:16
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漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”,已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-18 23:07
  • 阅读 ( 1086 )

Cytoscape——简介

Cytoscape页面功能简介

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 12:26
  • 阅读 ( 1079 )

cytoscape蛋白互作基础

蛋白互做

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-13 13:40
  • 阅读 ( 1077 )

宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-07 08:56
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