R语言基础绘图——箱线图
R语言基础绘图——饼图
记得在两年前刚学生信时,和很多小伙伴一样,在做完差异基因分析或者进行基因特异性筛选时,发现结果有几百个甚至上千个基因。心里想,这么多基因,如果每一个基因去NCBI、Gene Card等公共数据库上去注释基因功能,等注释完了,黄花菜都凉了。
本节课主要讲解数据标准化,基于我们上一讲的数据预处理中使用RMA工具提取基因表达普数据,重现文章中的标准化结果,以及零代码实现标准化数据和箱线图绘制工具使用说明。 1、本节所讲内容如...
5分TCGA文章的解读
TCGA里面主要是通过Affymetrix SNP6.0 array这款芯片来测拷贝数变异!
R语言基础绘图——柱状图
以文章Identification of differentially expressed genes and signaling pathways in ovarian cancer by integrated bioinformatics analysis的Figure1为例,简单几分钟制作如下图效果: 基本...
GSEA定义: Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献。其输入数据包含两部分,一...
illumina的软件(Illumina GenomeStudio Software)自动就把450k芯片的IDAT原始文件转换成了甲基化信号文件,一般是3~8列值每个样本。A beta value was calculated for each CpG target with Illum...
本小工具无需您懂得R语言等繁琐的计算机语言,只需您的一份表达矩阵文件,瞬间帮您完成梦寐以求的Heatmap图片!!简单便捷,生信人出品,精品中的极品!生信人助您成为SCI达人!
R语言基础绘图——坐标轴调整
R语言基础绘图——线性回归
vcf怎么看
本期是我们R语言可以这么玩系列第四期。 小蟹君今天又来给大家介绍R的玩法了。这次,我们用R来画地图吧,利用可视化工具,我们更能轻松地得出结论哦~
GEO数据库是目前基因表达谱数据数据库之一、里面包含了各种物种的各种测序和芯片平台的数据。详情介绍可以参考这篇文章:https://shengxin.ren/article/454,在这里我们主要介绍怎么快速的获取 ...
TCGA数据库的肿瘤相关测序数据非常丰富,各种玩法都可以发文章,基本上都是有人带头其余模仿即可
以下我们使用GEO的一套数据来演示以下该工具使用 首先我们选择下载GSE25065数据集,下载之后使用GEO芯片数据转换器将数据提取出来,最终我们得到了这两个文件 打开SampleInfo.xls文件找到随访...
做组学离不开KEGG,离不开KEGG通路的标记和富集,KEGG通路图定制化绘制工具支持在KEGG 通路中任意标记你的目标基因及任意颜色
一键式WGCNA总共需要输入两个文件,九个参数,界面如下: 1、表达谱文件:一个表头为样本,第一列为基因名称的表格矩阵 2、样本文件:一个第一列为样本,后面各列为定义的为样本表型的矩阵...