GSEA (Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析)简介

官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-07-21 20:12
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宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-13 20:33
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BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示,BRIG软件教您轻松搞定!

MECAT:PC组装人的基因组

今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件,号称资源浪费少,绿色又环保,而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-26 16:31
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视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法,真正做到“用别人的数据,发自己的文章”!

生存分析——R语言

用R语言进行生存分析

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-18 18:05
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组学生物(组学大讲堂)数据分析技巧、基因定位文献解读合辑

这一期的合辑包括数据分析技巧和基因定位经典文献的解读。

降解组测序简单了解

降解组测序

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:43
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参考简易TCGA下载小工具简单介绍TCGA

TCGA产生背景       目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后,癌症研究也早已步入基因组学时代,正因如此,人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平...

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-05-07 22:28
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央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国,同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中,当做保健品给动物防病,促...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-25 22:20
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【DNA甲基化分析系列】450K甲基化谱分析,6篇讲义从零入门

本文由【计算表观遗传学】公众号首发,针对表观遗传领域中研究最为广泛的DNA甲基化修饰及其广泛应用的群体研究中甲基化水平检查芯片技术进行系列讲解,帮助初学者了解芯片甲基化数据的获取、处理及深入分析的流程。感兴趣者可在公众号和社区中留言交流。

相关性矩阵热图绘制工具使用案例

在我们的组学研究中经常会遇到各种相关性,今天这款小工具专注解决各种矩阵相关性问题,老司机不多说赶紧上车 软件界面如下: 一目了然,输入矩阵即可继续行的相关性或者列的相关性,可以选择...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-11 10:15
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关于Bootstrap的通俗讲解

本文介绍了一种面向应用的、 基于大量计算的统计推断--Bootstrap法 。 它是以原始数据为基础的模拟抽样统计推断法,用于研究原始数据的某统计量的分布特征, 特别适用于那些难以用常规方法导出的...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:50
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学R学系列-02-R的主要数据结构

简要梳理R中常见的数据结构

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  • 文虎
  • 发布于 2018-03-17 22:56
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用小提琴图来可视化基因差异表达之美化过程

为了表示基因在样本中的差异,对于许多个基因的话用火山图感觉挺高大上的,那么对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢,有很多种办法,比如箱线图,柱状图等等,今天主要用小提琴图来可视化几个基因的差异表达。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-07-03 21:09
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【助研】【博后】【中科院】中科院心理所生物信息实验室助研及博士后招聘启事

王晶研究员研究组主要从事精神疾病多组学数据挖掘的生物信息技术开发以及精神疾病的候选分子标志物研究。目前因研究工作需要,招聘如下人员:   一、岗位需求:助研1人,岗位博士后1人 二...

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  • bioinfo
  • 发布于 2018-03-24 15:53
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记录TCGA的somatic mutation文件在哪下载

很多地方都下载不到somatic mutation数据了,新版改版之后已经没有了这样的数据,找到下载不容易,且行且珍惜。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-03-31 11:48
  • 阅读 ( 1765 )

16S+功能预测也能发Sciences:尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表,...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-21 20:13
  • 阅读 ( 1764 )

三维基因组常用分析工具汇总

Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-11-06 20:51
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宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-22 23:37
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