热门的文章 - 第3页

GEO数据挖掘之火山图和热图绘制

那么数据预处理、数据标准化都已搞定，接下来进入数据分析阶段，那么本节主要怎么通过sangerbox中的DEcenter进行差异分析、根据差异分析结果使用火山图工具以及热图绘制工具。 1、首先让我们看...

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调研图
发布于 2018-06-15 15:50
阅读 ( 23582 )

简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求

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祝让飞
发布于 2017-06-10 19:03
阅读 ( 23491 )

N50多少，证明组装的好？

N50如何评估组装效果

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SXR
发布于 2017-04-06 09:42
阅读 ( 22975 )

GEO数据挖掘之原始数据下载

复现文章第一步，GEO数据下载，这里详细解释了GEO数据库中SOFT formatted famliy file、MINiML formatted famliy file、Series Matrix File和RAE.tar四种数据的异同点。 GEO数据库详细解读，包...

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调研图
发布于 2018-06-08 10:23
阅读 ( 22705 )

GSEA （Gene Set Enrichment Analysis基因集富集分析）简介

官网 http://software.broadinstitute.org/gsea/index.jsp

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金晓妍
发布于 2017-07-21 20:12
阅读 ( 22152 )

五分钟搞定一个芯片的重注释，让那些没有genesymbol的数据再次好用

我们做芯片数据分析的时候经常会遇到有些基因芯片根本没有geneSymbol，或者有些lncRNA芯片根本没有像样的名称，故此对我们后续的分析也造成了不少的麻烦，基于此我们可以通过序列比对的方式将...

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祝让飞
发布于 2018-08-30 21:44
阅读 ( 22129 )

ID便捷转换工具使用教程

为了方便平时的各种ID转换，工具盒里提供了便捷式的转换工具，主要提供两种方式 1、TCGA的RNA-Seq转换，内置TCGA RNA-Seq数据的ID对应关系无需导入背景文件的转换方式 2、自定义的转换方式，...

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祝让飞
发布于 2018-01-14 21:24
阅读 ( 21957 )

DECenter:简便的差异分析工具使用教程

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调研图
发布于 2018-07-12 20:44
阅读 ( 21853 )

查询物种基因组大小的方式

相信大家在科研工作中，难免涉及到要查询某个物种的基因组大小。那么到目前为止，已经测过序的物种的基因组大小到底去哪里查询吗。小编整理了目前已有的可供查询基因组大小的数据库，供大家选择和使用，希望能够帮到你。

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SXR
发布于 2017-03-28 20:28
阅读 ( 21603 )

手把手五分钟教会你如何做GESA富集分析

本节分析是文章中所没有提到的分析，作为我们文章外的拓展知识扩充进来，那么小编最近也是看到有些小伙伴也在问关于GESA的相关问题，那么这里就是给大家做出了演示以及怎么分析、结果怎么解读哦...

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调研图
发布于 2018-06-15 17:10
阅读 ( 21307 )

教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

高颜值系统进化树，您值得拥有

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美吉生物
发布于 2018-01-17 15:29
阅读 ( 20958 )

GEO数据挖掘开篇之文章解析

解读今年三月份发表在《Oncotargets & Therapy》（影响因子2.612）一篇基于GEO数据库挖掘卵巢癌差异表达基因和信号转导通路的整合生物信息学分析文章。文章思路： 1、使用三套GEO数据；...

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调研图
发布于 2018-06-07 23:24
阅读 ( 20953 )

Cytoscape——实例

Cytoscape实例绘制网络图

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爽儿
发布于 2017-09-07 12:46
阅读 ( 20863 )

如果导师丢给你一个基因让你去研究，不妨试一下这两个五分的套路

很多研究都是集中在大样本的基因集中去筛选目标基因，这也是常规做数据挖掘的思路，但是做基础实验的常常关注某个基因，那么一个基因怎么做公共数据挖掘？这里有两个秘籍分享给大家 1、横向...

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祝让飞
发布于 2019-02-22 12:10
阅读 ( 20754 )

快速差异分析工具——limma包

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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欢乐豆
发布于 2020-05-26 19:47
阅读 ( 20450 )

Cytoscape——子网提取

Cytoscape内部子网提取

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爽儿
发布于 2017-09-07 23:16
阅读 ( 20419 )

其实绘制KM曲线的软件有很多，KM曲线是1958年，E. L. Kaplan 和 Paul Meier 两位教授介绍的一种全新的、解决随访期间右删失 (right censoring) 问题的生存分析方法，被称作Kaplan-Meier方法，这种方法精确地记录并利用每个个体发生终点事件的具体时间，在任何一个终点事件发生的时间点计算出一个新的、基于之前所有信息的总生存率 (Cumulative survival) 。

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祝让飞
发布于 2018-04-04 21:56
阅读 ( 19966 )

用小提琴图来可视化基因差异表达之美化过程

为了表示基因在样本中的差异，对于许多个基因的话用火山图感觉挺高大上的，那么对于少数几个基因的话一般用什么来展示其表达差异呢，有很多种办法，比如箱线图，柱状图等等，今天主要用小提琴图来可视化几个基因的差异表达。

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祝让飞
发布于 2017-07-03 21:09
阅读 ( 19921 )

火山图绘制工具示例

1、首先我们选择一套GEO数据集GSEXXXX,然后使用GEO2R的在线工具（或者使用生信人的差异分析小工具*看这里：如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析）筛选差异表达基因，我们将得到所有基因的差...

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祝让飞
发布于 2017-09-29 10:37
阅读 ( 19901 )

一键式WGCNA，WGCNA的简易便捷分析软件

WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法，WGCNA适用于复杂的数据模式，15个样品以上的数据，利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集，并与表型进行显著性关联分析，优势在于一是充分利用了信息，二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联，免去了多重假设检验校正的问题。