ssGSEA算法原理解析

ssGSEA顾名思义是一种特殊的GSEA,它主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的,不同的是GSEA需要准备表达谱文件即gct,根据表达谱文件计算每个基因的rank值,再进...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-14 13:27
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String-蛋白质相互作用数据库

string蛋白质互作数据库介绍以及与cytosacpe联用

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-09-07 23:33
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基因功能验正的几种方法

通过信息分析得到的候选基因,如何进行试验上的功能验证呢

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:51
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为什么生存分析时KM法和Cox回归的结论不一致

偶然看到这样的一个问题:R做生存分析关于survdiff函数的问题,让我想起了这个问题有时候K-M法和Cox回归的结论不一样,尤其是在做Cox时是显著的,在使用K-M时却分不开,不显著,很多人在这个时候...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-03-12 08:18
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一步一步教你做热图,从简单到复杂

热图(heatmap)是分子生物学文章里(尤其是microarray, RNA-seq相关论文)经常出现的图片,热图可以: 1)直观呈现多样本多个基因的全局表达量变化; 2)呈现多样本或多基因表达量的聚类关系...

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  • admin
  • 发布于 2021-10-12 16:04
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五年生存率 三年生存率 该怎么计算?

在做生存分析的时候经常会有各种年份的生存率计算,比如手术的五年生存率,某种治疗方法的五年生存率等等,那么我们经常使用K-M法来制作生存曲线,看不同的样本之间的差异,在低分的杂志中五年生存率见得比较少,但在很多大文章中还是比较常见,那么五年生存率是怎么计算的呢

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-06-23 21:27
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GEO和TCGA数据库挖掘文章思路!

TCGA、GEO、GSEA富集分析套路解析!

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程,但是都不是特别方便,这里属性就给大家写一个很方便的下载工具,总共7M,下载即用免安装,还支持断点续传。

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  • 生信人
  • 发布于 2017-03-31 14:01
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一步一步教你做芯片重注释

这里以GPL570为例 首先我们需要下载GPL570的探针序列: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570 找到官网链接: 点击进入官网,搜索探针序列:fasta 点击下载,即可得...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-28 15:51
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干货:基因组注释详解

基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因和其他结构高通量注释,是当前研究的一个热点。 基因组注释主要包括五个研究方向: (1)重复序列的识别...

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 09:19
  • 阅读 ( 26403 )

batch effect 如何处理

不同平台、组织的的批次效应,如何处理

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 21:05
  • 阅读 ( 26205 )

TCGA下载工具V12用教程

由于TCGA下载工具之前的版本中用户无法连接TCGA时无法下载,也无法支持GEO数据下载,本次升级将对上述的两个问题进行解决

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:05
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MALAT-1简介

MALAT-1的发现2003年,Ji等从初期非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞中筛选出数个差异表达基因,其中包括含一个与肺癌转移和预后相关的未知转录物,采用RACE法扩增到一个长约940nt的片段,经检索比对...

GEO数据库及应用场景介绍

NCBI于2000年发起的基因表达汇编(GEO)计划。致力于建立一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据。 GEO主要包含各种芯片数据,也有少部分测序数据,

拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误,然后程序猿一直希望将学习成本降到最低,经过多次努力,已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为:G...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 15:20
  • 阅读 ( 24236 )

TCGA临床病理随访资料解读

很多人问怎么计算病人的生存时间,怎么获取病人的治疗方案,怎么知道病人肿瘤转移位置等等,每个人研究关注点不同,但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究,今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-12 14:26
  • 阅读 ( 23910 )

蛋白质互作网络挖掘中Hub Genes该怎么选

    Hub基因通常都是具有代表性的一些基因,如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天小编给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。     Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件,那...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-20 11:10
  • 阅读 ( 23856 )

桑格助手公众号使用攻略

推荐一个灰常灰常好用的微信服务号

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  • 调研图
  • 发布于 2018-07-03 15:12
  • 阅读 ( 23718 )

超详细!三种方法来绘制Venn图

“Venn图是我们科学研究中常用的图形之一,今天小编给小伙伴们介绍三种Venn图绘制工具,小伙伴根据自己的要求进行选择,如果小伙伴觉得对你有帮助,欢迎转发与收藏。”

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  • 柚子
  • 发布于 2020-06-15 15:10
  • 阅读 ( 23484 )

GEO数据挖掘之火山图和热图绘制

那么数据预处理、数据标准化都已搞定,接下来进入数据分析阶段,那么本节主要怎么通过sangerbox中的DEcenter进行差异分析、根据差异分析结果使用火山图工具以及热图绘制工具。 1、首先让我们看...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 15:50
  • 阅读 ( 23435 )