宏基因组实战5. sourmash基于Kmer比较数据集

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-07 08:56
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微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个专门针对于微生物群落的分析pipline,可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件,QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-05-26 21:39
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微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

本文转载自“宏基因组”公众号,作者朱微金,己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士,转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大,让我痛下决心苦学dry技能。目前...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-17 10:13
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生信人问答平台文章发布注意事项

生信人问答平台文章发布注意事项

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  • 生信人
  • 发布于 2017-04-02 11:28
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SIFT :预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的工具

SIFT ——预测氨基酸替代是否影响蛋白功能 SIFT是预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的开放性工具,由A*STAR(Agency for Science, Technology and Research)资金赞助,GIS (Genome Institue of ...

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-05 09:52
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RNAseq FPKM\TPM\Count相互转换及lncRNA提取工具

对于RNA-seq数据集,如TCGA RNA-seq,我们经常需要做一些转换,比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具,...

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  • admin
  • 发布于 2021-08-19 10:47
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转发:常见的PCA、tSNE、UMAP降维及聚类基本原理及代码实例

这篇文章详细介绍了 PCA、tSNE、UMAP,原始链接为:https://blog.csdn.net/qq_43337249/article/details/116612811 ,以下为备份 常见的降维方法基本原理及代码实例 0.前言:什么时候要降维聚...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2021-08-24 15:16
  • 阅读 ( 6467 )

ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品

ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多,而我们想在图形中添加标签的时候,容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-02 20:14
  • 阅读 ( 6458 )

做重注释的简单思路记录一下

做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-05-21 17:03
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胃癌TCGA结合GEO数据建模(机器学习建立疾病诊断模型的方法)

生物信息建模大杂烩...

宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-22 23:37
  • 阅读 ( 6437 )

快速解读:3-5分的蛋白质组学文章思路

3-5分蛋白质组学文章思路!

简易一致性聚类分析软件(ConsensusClusterPlus)

一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法,例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...

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  • admin
  • 发布于 2021-10-09 17:31
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关于生信人问答平台金币产生及获取

生信人问答平台本着知识分享,互助共进的原则,提供给广大生信人分享知识,获取知识的网络平台,在本平台中采用金币作为唯一衡量知识贡献的标准,金币不提供充值,是本平台的知识的象征,他只能由知识产生,产生规则如下

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  • admin
  • 发布于 2017-08-01 21:24
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干货:如何将别人的芯片数据唯我所用,发自己的文章

别人芯片数据为我所用,用别人的数据发自己的文章

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  • 调研图
  • 发布于 2018-08-05 12:06
  • 阅读 ( 6402 )

参考简易TCGA下载小工具简单介绍TCGA

TCGA产生背景       目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后,癌症研究也早已步入基因组学时代,正因如此,人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平...

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  • 金晓妍
  • 发布于 2017-05-07 22:28
  • 阅读 ( 6398 )

基因组去哪儿了

今天跟大家解读下发在gigascience上的三篇基因组文章:大额牛、椰子和人参。

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-10-14 10:57
  • 阅读 ( 6390 )

16S+功能预测也能发Sciences:尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表,...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-03-21 20:13
  • 阅读 ( 6368 )

开源基因组浏览器JBrowse教程系列第二篇:使用拟南芥基因组演示怎么配置JBrowse

本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。

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  • deepxin
  • 发布于 2017-08-09 17:31
  • 阅读 ( 6347 )