前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个专门针对于微生物群落的分析pipline,可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件,QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。
本文转载自“宏基因组”公众号,作者朱微金,己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士,转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大,让我痛下决心苦学dry技能。目前...
生信人问答平台文章发布注意事项
SIFT ——预测氨基酸替代是否影响蛋白功能 SIFT是预测氨基酸替代是否影响蛋白功能的开放性工具,由A*STAR(Agency for Science, Technology and Research)资金赞助,GIS (Genome Institue of ...
对于RNA-seq数据集,如TCGA RNA-seq,我们经常需要做一些转换,比如Count转FPKM 或者Count转TPM,或者FPKM转TPM,同时我们还经常需要从RNAseq数据中提取lncRNA,在这里我们开发了一个简易的工具,...
这篇文章详细介绍了 PCA、tSNE、UMAP,原始链接为:https://blog.csdn.net/qq_43337249/article/details/116612811 ,以下为备份 常见的降维方法基本原理及代码实例 0.前言:什么时候要降维聚...
ggrepel解决标签之间重叠问题简介 有时样本比较多,而我们想在图形中添加标签的时候,容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环境条件宿主(温室植物、饲养动物)至少...
做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯...
生物信息建模大杂烩...
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
3-5分蛋白质组学文章思路!
一致性聚类是一种为确定数据集中可能的聚类的数量和成员提供定量证据的方法,例如作为微阵列基因表达。这种方法在癌症基因组学中得到了广泛应用,在那里发现了新的疾病分子亚类。 一致性聚类方...
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别人芯片数据为我所用,用别人的数据发自己的文章
TCGA产生背景 目前人们研究最多的疾病非癌症莫属。从人类基因组计划完成后,癌症研究也早已步入基因组学时代,正因如此,人们急需一个能整合多种癌症基因组测序数据的功能强大的数据库平...
今天跟大家解读下发在gigascience上的三篇基因组文章:大额牛、椰子和人参。
Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表,...
本文以拟南芥为例演示了JBrowse的配置。