GEO数据快速下载——终于不用去国外数据中下载数据了

我们通过研发的新的数据平台将常用的公共数据库全部同步到国内服务器中,并且每天同步更新,同时按照常规发表SCI的习惯对所有数据进行整合,编排,方便大家下载与使用。

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  • 欢乐豆
  • 发布于 2020-04-26 13:57
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Sangerbox 3.0:一站式的科研数据分析和写作投稿平台

从第一款简易TCGA下载工具开始,SangerBox便有了傻瓜式、易操作的基因,秉承简易、高效的原则,SangerBox已经进入 第三代系统。 第一代 SangerBox为一款 桌面式的 软件,易上手,但是 在不同电...

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  • admin
  • 发布于 2021-06-16 15:37
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两篇文章一字之差,影响因子差了三倍,他们都干了啥?(第二篇)

话不多说先上图: 最近在写工具盒里WGCNA工具的使用教程,检索素材时发现了一篇文章,哦不,是两篇,他们长的几乎一样,且看: Prognostic Genes of Breast Cancer Identified by Gene Co-e...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-10-16 16:27
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数据分析技巧、基因定位文献解读合辑

这一期的合辑包括数据分析技巧和基因定位经典文献的解读。

文章分享(一)What?肿瘤纯度是一个潜在的关键因素

在胶质瘤组织中不仅仅只包含胶质瘤细胞,也存在与胶质瘤相关的非肿瘤细胞,如基质细胞以及免疫细胞。这些非肿瘤细胞稀释了胶质瘤细胞的纯度,并且在胶质瘤的生物学过程中起到重要作用,但是胶质瘤纯度变化的影响仍不是十分清楚,这篇文章旨在研究这个问题。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-07-25 10:07
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干货|基因注释方法论

简单介绍基因预测方法 现如今随着测序技术的发展,组装一个完整的基因组也是越来越普遍,价格已经不像前些年那样昂贵(当然超大基因组除外),待基因组组装完成后,基因预测将会是接下来需要进...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-02 20:36
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宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-08 21:09
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警告:TCGA 官网下载甲基化注释文件错误!!!

今天我的一个师妹发现 TCGA下载的甲基化450k的数据注释中存在五千来个位点注释的位置一致,顺便给我丢了两个位点cg02493986和cg04652208;查阅之后发现这两个位点确实注释在了同一个位置上,这...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-08 20:28
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基因集变异分析(GSVA)分析工具介绍

基因富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)需要预先有一个有生物学意义的基因集(如同一个通路中的基因),再将基因集内(具有相同意义/功能)的基因一并计算并归纳为单个富集分数。...

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  • admin
  • 发布于 2021-09-30 11:49
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文献解读(5)具有丰富瘤内CD103+CD8 + T细胞的胃癌免疫原性亚型的鉴定和验证

CD103 + CD8 + T细胞可能是预测胃癌患者预后和治疗效果的有用标志物。致力于增加肿瘤内CD103 + CD8 + T细胞频率可能是胃癌的一种新的治疗策略。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-14 15:38
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爱学习:手把手教你复现一篇Nature子刊的基于WGCNA的生信分析+实验验证的文章

“Identifcation of the key genes and pathways involved in the tumorigenesis and prognosis of kidney renal clear cell carcinoma” 肾脏肾透明细胞癌的发生,发展及预后的关键基因和途径的鉴定 发表于: 2020年3月6日, Scientific Reports 杂志上,还是热乎的。

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  • 欢乐豆
  • 发布于 2020-05-29 18:50
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PICRUSt:16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限,一般找到差异OTU,就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢?很多人在这方面做出了努力。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-13 20:02
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视频讲解0实验成本的发文方法——基因家族分析

视频教程讲解基因家族分析方法,真正做到“用别人的数据,发自己的文章”!

生信文献解读(1)多组学数据的生存分析识别胰腺癌中的预后标志物

文章通过对TCGA中的PDAC甲基化以及表达等数据进行分析,使用差异表达,生存分析,功能富集等生信方法,最终识别出了PDAC的预后标志物。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-08-26 13:15
  • 阅读 ( 6681 )

karyoploteR:基因组可视化定制版

简介 karyoploteR是Bioconductor的一个包。这个包主要功能是可以用它来肆意的绘制基因组相关的可视化,文章说了任何数据都可以。这个软件的特点就是自由,半自动话,他只是提供一些组件和工...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-08 15:07
  • 阅读 ( 6657 )

读了这篇文章,你也能无代码生信分析发四分SCI

其实前段时间小编已经给大家分享了单基因泛癌分析,拿着自己研究的基因,通过Sangger box云平台就可以得到了属于自己的单基因分析报告(如果有兴趣的话可以去翻一下那篇文章) 强调:代码编程和网页小工具只是数据分析方法,重要是研究思路,如何将分析结果将生物学含义联系起来才是至关重要的点。 下面这篇文章的分析内容比小伙伴们拿到的那份分析报告内容少了很多,但是文章分数却不低,文章的题目虽然是关于胃癌的,但是作者研究的研究思路却是泛癌,值得小伙伴们借鉴。一起来看看吧!

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  • 欢乐豆
  • 发布于 2020-06-16 09:39
  • 阅读 ( 6636 )

TCGA RNASeq数据归一化工具使用例子

例子1: 有多个FPKM文件如: 打开软件,点击“选择多个文件”按钮,然后选择要转换的FPKM样本,当然值得注意的是左侧的复选框,复选框勾选的才会进行转换 然后左下角选择需要转换的方法,我...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-01 17:07
  • 阅读 ( 6624 )

RCricos绘制简单圈图

RCricos绘制简单圈图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-05-20 10:25
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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时,图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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  • 生信
  • 发布于 2018-08-30 08:58
  • 阅读 ( 6610 )

宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-11-13 20:33
  • 阅读 ( 6605 )