StringTie:一个转录组软件

新的转录组标表达定量软件

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 15:27
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文献解读(1)癌症干性,肿瘤内异质性和跨癌症的免疫反应

这篇文章整合多个数据集对癌症的干性、免疫应答和瘤内异质性进行了综合分析,发现了抗肿瘤免疫与肿瘤干性之间的普遍负相关,以及肿瘤干性与肿瘤内异质性之间显著的正相关。无论是研究所用到的数据还是研究所采用的方法以及思路都值得我们学习借鉴。

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  • 柚子
  • 发布于 2020-04-07 16:41
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三维基因组常用分析工具汇总

Hi-C技术主要将空间结构临近的DNA片段进行交联,并将交联的DNA片段富集,然后进行高通量测序,对测序数据进行分析即可揭示全基因组范围内的染色体片段间的交互作用。利用Hi-C技术可以揭示基因组...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-11-06 20:51
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GO的obo文件解析Python代码

在现在的组学研究中几乎离不开GO分析,那么GO是干什么的呢,GO的诞生主要目的是来归类 统一生物学方言的(不同的生物学数据库可能会使用不同的术语),它是一个有向无环图(DAG)本体,主要形式是一term标记,每个GO term代表一种功能描述,都属于ontology,而GO总共分成三个ontology:molecular function, cellular component和biological process

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-05-30 18:00
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批量计算生存分析工具说明

生存分析:对一个或多个非负随机变量进行统计推断,研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一门学科,既考虑结果又考虑生存时间的一种统计方法,并可充分利用截尾数据所提供的不完全信息,对...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-16 14:30
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推荐一个软件:GFFview

A Web Server for Parsing and Visualizing Annotation Information of Eukaryotic Genome 大家好,今天给大家推荐一款软件,GFFview ,顾名思义这款软件主要用于gff文件的可视化展示。 相信...

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-06-03 10:31
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权威解析!2018年国自然基金中的“热点”表现如何?

2018年国自然基金评审结束,今年基金委共资助面上项目18,947项、青年科学基金项目17,671项、优秀青年科学基金项目400项、重点项目701项、重大项目1项、重点国际(地区)合作研究项目106项。 其

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-19 10:26
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孟德尔随机化之基础概念与研究框架

在本期中,我将说明孟德尔随机化的基础概念与研究框架,并解释如何使用孟德尔随机化去解决常规流行病学问题。 2.1 什么是孟德尔随机化? 孟德尔随机化是在非实验数据中使用遗传变异

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  • 米老鼠
  • 发布于 2020-09-13 23:20
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对方向扔了一个赤果果的生信分析SCI思路

很久没有写稿子了,今天给大家分享一篇纯生信的SCI,思路简单粗暴。文章2017年发表在Oncotarget上(虽然已经牺牲了),但是我们可以取其精华呀,只要还有值得我们学习的地方,我们就挖掘出来。

Meta分析全程教程

零基础,想“短平快”不做实验发SCI的同学;讲师郎中1987对于meta分析的专业程度是现在少有人可以相比的,他发的30多篇文章里90%都是Meta分析,足见他对Meta套路的熟谙。

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  • 王国胜
  • 发布于 2018-09-03 17:08
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TCGA ID转换器使用说明

为了便于新版TCGA RNA-Seq数据的转换提取,特制作RNA-Seq数据的ENSG_ID转换成lncRNA、编码蛋白基因、假基因等的转换器

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-04 17:05
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基因预测,你有考虑串联重复基因吗?

串联基因在基因预测中还是很难处理的,你有考虑吗?

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:25
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开源基因组浏览器JBrowse教程系列第一篇:安装

本文介绍如何使用nginx安装JBrowse

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  • deepxin
  • 发布于 2017-06-20 14:15
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干货|互作转录组

Dual RNA seq

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  • 张海伦
  • 发布于 2017-08-03 21:00
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茶基因组解析

茶是世界上最古老,最受欢迎的含咖啡因的饮料,具有极大的经济,药用和文化价值。栽培茶树山茶的重复序列高达80.9%,基因组大小伟3.02Gb。文章发现,由于几个LTR反转录转座子家族的缓慢,稳定...

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  • 百迈客
  • 发布于 2017-05-05 16:55
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生信文章解析(第八篇)胃癌中m6A修饰的减少预示恶性表型以及Wnt/PI3K-Akt信号通路增强

文章结合CG的表达信息,采用功能富集生存分析等方法推断出m6A-损失介导致癌信号传导(例如Wnt和PI3K-Akt)可以优先促进GC进展,系统的阐明了m6A在GC中的临床病理学作用,研究了m6A对肿瘤功能抑制及其潜在分子机制。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-08-15 11:29
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测序各种名词解释,都在这里

收集的各种测序名词解释,Contig,Assembly,等等都在这里了

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-05 09:49
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宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/),每年组织多场生物信息学线下培训,并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频,每一份都价值不菲。2016年6月22-24日,在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训,我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 "Access Content" 访问这次培训的材料。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-12 21:59
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宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

本文英文原版见下方github链接,由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充,全网首发“宏基因组”公众号。 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html 前...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-26 13:51
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漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”,已获授权。本人对内容有编辑和修改。 16S的基础概念 16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-18 23:07
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