分享一个绘制带置信区间的ROC曲线的代码模板

效果图如: library(timeROC)library(survival)ROC.DSST=timeROC(T=time,        delta=status        ,marker=test.score,        cause=1,weighting="marginal",        times=c(12,12*3,1...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 10:38
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转座子分析软件及用法

转座子分析软件及用法

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-18 11:21
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线粒体基因组测序策略和方法

背景介绍 线粒体由于其较为保守,常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法,可能大家较为陌生,小编在此简单的介绍下常用的测序策略。 方法 1、第...

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-14 11:45
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miRNA-mRNA网络构建

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要mRNA-miRNA的互作网络构建。

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  • 调研图
  • 发布于 2018-11-16 14:27
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基于源代码的RRA算法原理解析

使用RRA算法做基因表达meta分析的文章很多,基于某个好友博士答辩中涉及到此方法,需要对该算法深入解析,顺道抽空研究了一下(主要是实在看不下去文章直译牛头不对马嘴。。。。。他翻译如下)...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-15 21:36
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R语言基础绘图——注解

R语言基础绘图——注解

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-08-06 16:31
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解析一篇三分多的甲基化文章:全基因组甲基化分析鉴定结肠腺癌中的新型预后甲基化标志物

该文发表与2018年9月,二区,3.4分 DNA甲基化是一种主要的表观遗传机制,是基因表达的重要调节因子,可以抑制转录因子的结合或抑制蛋白的募集。以前的研究表明,表观 遗传基因调控中的DNA 甲基...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-02-18 13:27
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2篇五分数据分析文章教你怎么正确的利用CeRNA假说

在pubmed上利用TCGA的数据及CeRNA假说整合分析所发表的文章已经快五十篇了,他们从不同程度上来诠释CeRNA假说以及应用场景,我们都知道ceRNA全称为competing endogenous RNA,是一种能够竞争结...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-17 14:38
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多因素回归分析工具 使用教程

先上图,后补充

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  • 祝让飞
  • 发布于 2018-08-22 15:33
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WGCNA 一键式分析工具

加权基因共表达网络分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基...

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  • admin
  • 发布于 2021-08-28 12:06
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编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-18 22:55
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分享一个基因融合(Gene_Fusion)检测的新软件--Arriba

基因融合检测软件

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  • 文虎
  • 发布于 2017-12-24 15:58
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你得明白为什么一个基因对应多个探针

一个基因对应多个探针

生信文章解析(第七篇)非小细胞肺癌中免疫应答相关的突变特征以及驱动基因

研究非小细胞肺癌免疫应答相关的signature的文章,整合了113例经过ICB治疗的非小细胞肺癌样本的体细胞突变谱以及临床信息。研究的目的是刻画经ICB治疗的非小细胞肺癌患者的突变特征和预后。

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  • 柚子
  • 发布于 2019-08-15 10:44
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2020年5+生信文章什么样?

话不多说,直奔主题。(看发表时间,很新鲜) 这杂志大家也不陌生,都是老朋友了,生信友好型杂志。 看看文章都干了什么: 1.故事背景 作者系统性的开发了一个跨越不同转录组平台和病人队...

PASA:提升基因预测的利器

PASA牛叉的利用转录组预测基因

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  • SXR
  • 发布于 2017-04-01 15:21
  • 阅读 ( 7686 )

如何提升系统进化树的颜值?

“高颜值系统进化树”诞生记

蛋白互作网络挖掘,轻松获取关键网络模块

这一讲,主要讲解蛋白互作网络构建以及结果优化,那么同样也是我们本次GEO数据挖掘系列的最后一讲,从开始文件章解读到文章中的每一步的分析操作,我们都通过零编程来实现完成,这里避免大家在...

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-15 20:44
  • 阅读 ( 7670 )

miRNA 综述文章阅读笔记

miRNA研究综述

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-28 20:54
  • 阅读 ( 7663 )

转录组分析工具哪家强?

本文是导读版,生信宝典公众号同一期还有完整翻译版RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛,也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异