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一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-27 12:36
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刘永鑫
文章解读——基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存
基于20个基因的预后模型预测肺腺癌的生存 Twenty-gene-based prognostic model predicts lung adenocarcinoma survival 肺腺癌（LAC）占非小细胞肺癌的一半以上，它具有高发病率和死亡率...
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- 生信分析流
- 发布于 2018-09-18 15:48
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生信分析流
这篇五分多的signature建模文章有点机智啊
最近偶然看到一篇生信建模的文章，思路清奇，让人茅塞顿开。 从标题上来看 是一篇分析胰腺癌甲基化异常的 基因的预后signature，这个题材的文章 看个标题就差不多能猜出来干了什么事，但好奇...
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- 祝让飞
- 发布于 2019-03-11 14:34
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祝让飞
Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型
题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？ 认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。 作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-25 21:58
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KEGG富集分析还可以这么美化
上一讲，讲解富集方法以及结果的可视化，那么这堂课为实战篇复现以下文章中的结果，并使用cytoscape美化可视化结果。 1、开始画面，一如既往的是操作步骤流程图 2、文章中KEGG结果部分解读...
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- 调研图
- 发布于 2018-06-15 20:28
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调研图
Co-occurrence网络图在R中的实现
作者：陈亮 单位：中科院微生物所 编者按：上个月菌群月坛，在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验，不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识，更使我手上一个关于菌根的课题有极大...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-12-07 20:07
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ORCID 注册和使用
学术活动是一个连续的、长时间的活动，那么怎样才能将你的所有研究活动关联在一起呢？这里就需要用到一个【学术身份证】——即ORCID，你所有的国外投稿都是需要用到这样一个系统的，今天，小编就...
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- 祝让飞
- 发布于 2021-05-05 13:12
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桌面版SCI-Hub,简单易用，再也不用担心找不到可用的SCI-hub网址了
最近SCI-Hub风雨飘摇，今天收藏的网址明天就不能用了，心碎的很，某程序员同学一机灵就弄了个桌面版的SCI-Hub，丢到了工具盒中
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- 调研图
- 发布于 2017-12-22 11:08
- 阅读 ( 8653 )
甲基化芯片注释中的CpG shores, open sea 是什么
在甲基化芯片中，对于CpG位点所在的区域，会有对应的注释信息，比如CpG islands。CpG island是基因组上一段CpG位点密度较高的区域，这个概念是非常常见的 ，出了CpG island 之外，还会有CpG shores, CpG
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- 菜鸟新手
- 发布于 2018-08-22 09:10
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菜鸟新手
宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估
前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...
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- 刘永鑫
- 发布于 2017-10-30 17:50
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张海伦
使用TCGA做CeRNA又有了便捷的方法
在早先时候我介绍了CeRNA的一些做法，尤其是怎么构建CeRNA网络和怎么去对网络做剪枝，在视频中都是针对于不需要编程去操作，实际上如果你会R的话，下面介绍的工具会让你事半功倍。 这是一篇上...
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- 祝让飞
- 发布于 2018-08-13 09:52
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身边没有电脑，如何让下载文献变得更简单
PC端下载文献的神器有很多，不论是用小软件还是sci-hub都可以做到。 但如果恰好身边没有电脑，或者只有一台公共电脑不适合存放私人的文件，这时候咋办呢？ 方法其实很简单 第一步，微
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- chris
- 发布于 2019-03-21 12:51
- 阅读 ( 8474 )
chris
MECAT：PC组装人的基因组
今天给大家推荐一款牛叉的三代组装软件，号称资源浪费少，绿色又环保，而且在个人笔记本上毫无压力的软件——MECAT。
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- 张海伦
- 发布于 2017-06-26 16:31
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基因表达与甲基化关联分析，挖掘表观诱导的潜在肿瘤标志物（生信分析方案）
通过基因表达与甲基化的关联分析，筛选启动子区域甲基化修饰改变而引起 基因表达改变，从而对病人预后产生不良影响的基因。
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- 生信分析流
- 发布于 2018-07-27 14:46
- 阅读 ( 8397 )
使用linux终端下载GEO数据
Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。
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- 王诗翔
- 发布于 2018-01-16 13:50
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王诗翔
Nature Genetics：微生物基因组如何适应植物？(news & views)
Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔，美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯...
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- 刘永鑫
- 发布于 2018-01-17 21:26
- 阅读 ( 8354 )
