SangerBox 永久下载地址(原生信人工具盒)

SangerBox 新一代数据分析盒子,集成常见的傻瓜式数据分析软件,让你轻松做分析。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:15
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你知道桑格组手公众号怎么查询即时影响因子了吗

好久没有更新公众号的杂志影响因子查询的功能了,最近做了一下改版,主要有两个方面: 1、优化了搜索方式,之前是需要输入完整的杂志名称才能查影响因子及分区,现在支持模糊搜索啦,比如搜索p...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2019-11-26 20:00
  • 阅读 ( 87402 )

R语言可以这么玩 |高质量图片这样导出!

众所周知,可视化是统计中不可缺少的一部分,也是很直观的传递信息的一种方式,并且SCI文章投稿最重要的也是对于图片的处理。 一般杂志对图片要求:图片最低分辨率300DPI,部分杂志要求不低于6...

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  • 易统计
  • 发布于 2017-05-17 14:04
  • 阅读 ( 65683 )

如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析

无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因,这个方法绝对能够帮助你事半功倍 首先假设你已经找到了一套数据GSE32323 这套数据共包含44个样本,其中有17个配对的癌与...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-28 10:48
  • 阅读 ( 65552 )

这应该是史上最简单好用的GSEA富集分析工具了

GSEA是什么,这个请自行百度,在使用之前要知道GSEA是啥 然后上工具截图: 一般情况下咱们要做GSEA需要准备三个文件 1、gct格式的表达谱 2、分组文件 3、富集的背景文件,也就是gmt格式的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-19 10:12
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GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例: 首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本,我们选择MINiML格式的数据(软件只支持该格式),下载完: 然后我们将该文件导入到软件中: 从图...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-10 10:57
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TCGA和ICGC规定的44种癌症的简称和全称

不知道大家是不是需要中文译名。 lamlAcute Myeloid LeukemiaaccAdrenocortical carcinomablcaBladder Urothelial CarcinomabocaBone CancerlggBrain Lower Grade GliomabrcaBreast invasive c...

那些年画过的热图之pheatmap美化过程

在基因的表达模式分析中,我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理,使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中,我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求,进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 20:57
  • 阅读 ( 51849 )

SangerBox使用配置详注

非常好用的sangerbox终于上线了,集成几十款小工具,让你轻松做科研

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  • 调研图
  • 发布于 2018-06-12 18:10
  • 阅读 ( 47808 )

简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

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  • Fei
  • 发布于 2017-03-28 20:11
  • 阅读 ( 44156 )

NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Seque...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:40
  • 阅读 ( 41504 )

TCGA RNAseq数据中FPKM与TPM转换介绍

在新版数据中TCGA的RNAseq数据主要提供了三种数据下载,FPKM,FPKM-UQ,Counts,如果要用edgR等筛选差异的话会下载使用Counts数据,但是笔者在过去的数据分析中发现TCGA数据使用edgR等软件筛选差...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-24 10:41
  • 阅读 ( 37152 )

UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

下载UCSC Xena公开数据集

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  • 王诗翔
  • 发布于 2018-08-07 15:36
  • 阅读 ( 36201 )

在R中求一致性指数( Harrell'concordance index:C-index)案例

C-index,英文名全称concordance index,中文里有人翻译成一致性指数,最早是由范德堡大学(Vanderbilt University)生物统计教教授Frank E Harrell Jr 1996年提出,主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度(discrimination),和大家熟悉的AUC其实是差不多的

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 15:32
  • 阅读 ( 33084 )

R语言基础绘图——折线图

R语言基础绘图——折线图

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  • 爽儿
  • 发布于 2017-07-22 15:22
  • 阅读 ( 32725 )

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-04 10:53
  • 阅读 ( 32279 )

拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子

刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如:https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下,我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 20:27
  • 阅读 ( 31464 )

拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例

数据准备 1、下载TCGA RNA-Seq数据,我们使用TCGA简易下载工具进行下载,因为我们是做预后所以就没有显著正常样本,如图共有407个样本(这是包含所有可下载的样本,要全部下载就将右上角的复选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-28 16:24
  • 阅读 ( 30624 )

一篇典型的WGCNA文章解读

我们鉴定了两个模块和10个hub基因,这些基因与OSCC的肿瘤发生有关。 这两个模块提供的参考将促进对OSCC中肿瘤发生机制的理解。 此外,hub基因可以作为生物标志物和治疗靶标,用于未来OSCC的精确诊断和治疗。

GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据

GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据

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  • 调研图
  • 发布于 2018-07-12 14:08
  • 阅读 ( 29810 )