生信人工具盒永久下载地址

由于许多用户反馈小工具太多,调来调去不方便,程序猿加班加点推出生信人工具盒,将所有工具进行统一管理,如图:

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-11-09 16:15
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简易TCGA下载工具使用教程

简易TCGA下载工具是一个可以下载TCGA数据的小软件,它能够在线搜索可用资源并批量下载。除下载之外,还提供临床数据的简单处理,将xml格式的单个临床信息文件转换成矩阵格式数据;另外,对于RNA-seq,methyarray,miRNA数据还提供将单个文件合并成矩阵格式数据的功能模块,并可以将RNA-Seq中ENSG_ID转换为geneSymbol 。在此提供此软件的使用教程,希望可以帮助大家快速,批量下载TCGA数据。

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  • shuang
  • 发布于 2017-03-28 20:11
  • 阅读 ( 12182 )

R语言可以这么玩 |高质量图片这样导出!

众所周知,可视化是统计中不可缺少的一部分,也是很直观的传递信息的一种方式,并且SCI文章投稿最重要的也是对于图片的处理。 一般杂志对图片要求:图片最低分辨率300DPI,部分杂志要求不低于6...

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  • 易统计
  • 发布于 2017-05-17 14:04
  • 阅读 ( 8980 )

你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(1804)

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的技术交流与传播,推动中国微生物组计划发展,中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号,目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-31 20:15
  • 阅读 ( 8082 )

微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

本文转载自“宏基因组”公众号,作者朱微金,己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士,转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大,让我痛下决心苦学dry技能。目前...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-10-17 10:13
  • 阅读 ( 7889 )

你从没见过的的TCGA下载工具

TCGA新版数据下载之前有很多教程,但是都不是特别方便,这里属性就给大家写一个很方便的下载工具,总共7M,下载即用免安装,还支持断点续传。

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  • 生信人
  • 发布于 2017-03-31 14:01
  • 阅读 ( 7836 )

简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-10 19:03
  • 阅读 ( 7340 )

就拿TCGA的乳腺癌RNA-seq数据来做个WGCNA示例吧

WGCNA(Weighted Correlation Network analysis)是一个基于基因表达数据,构建基因共表达网络的方法。WGCNA和差异基因分析(DEG)的差异在于DEG主要分析样本和样本之间的差异,而WGCNA主要分析的是基因和基因之间的关系。WGCNA通过分析基因之间的关联关系,将基因区分为多个模块。而最后通过这些模块和样本表型之间的关联性分析,寻找特定表型的分子特征。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-04 10:53
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NCBI SRA数据库使用详解

做为一个合格的生物信息菜鸟,没钱测序咋整,免不了到处求数据呀找数据.....练好基本功必须先从找数据开始!今天小编就来介绍一下一个存储大量高通量数据的的数据库-SRA。 1、简介 SRA(Seque...

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  • SXR
  • 发布于 2017-03-30 21:40
  • 阅读 ( 5875 )

GEO芯片数据转换器使用案例

以GEO芯片数据GSE14520为例: 首先从GEO下载GSE14520数据: 从图中可以看出共有488个样本,我们选择MINiML格式的数据(软件只支持该格式),下载完: 然后我们将该文件导入到软件中: 从图...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-10 10:57
  • 阅读 ( 5848 )

拿TCGA肝癌的RNA-Seq数据来做差异分析例子

刚写了一篇如何用GEO数据来做差异的例子如:https://www.shengxin.ren/article/207 这次来用TCGA的肝癌的数据来演示以下,我们选择大家比较喜欢的RNA-Seq Counts数据 使用TCGA简易下载工具选...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 20:27
  • 阅读 ( 5730 )

拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误,然后程序猿一直希望将学习成本降到最低,经过多次努力,已更新到了第四版本 这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析 这套芯片数据为:G...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-10-26 15:20
  • 阅读 ( 5388 )

记录clusterProfiler GO分析的一些疑问

闲暇时突然想写一个GO富集分析的小工具,说到富集分析的话不得不提Y叔的clusterProfiler了,简单的使用clusterProfiler提供的GO富集分析的例子: ## Not run:     data(geneList)de <- name...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-12-08 14:32
  • 阅读 ( 5354 )

Nature Genetics:微生物基因组如何适应植物?(news & views)

Nature Genetics于2017年12月18日在线发表了美国北卡教堂山的Jeffery L. Dangl团队(http://labs.bio.unc.edu/Dangl/)领衔,美国能源部JGI研究所的Tanja Woyke和Susannah G. Tringe共同通讯...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-17 21:26
  • 阅读 ( 5068 )

这应该是史上最简单好用的GSEA富集分析工具了

GSEA是什么,这个请自行百度,在使用之前要知道GSEA是啥 然后上工具截图: 一般情况下咱们要做GSEA需要准备三个文件 1、gct格式的表达谱 2、分组文件 3、富集的背景文件,也就是gmt格式的...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-09-19 10:12
  • 阅读 ( 4873 )

Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所 编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2017-12-07 20:07
  • 阅读 ( 4643 )

那些年画过的热图之pheatmap美化过程

在基因的表达模式分析中,我们往往需要对多个基因表达数据进行可视化处理,使得我们所关注的基因在不同样本中表达情况一目了然。在日常研究中,我们往往习惯于选择热图实现这一基因表达模式可视化的需求,进而直观的表述我们的基因表达模式的分析结果。

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-06-26 20:57
  • 阅读 ( 4528 )

编程模板-R语言脚本写作:最简单的统计与绘图,包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为:是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言,数据格式转换,软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...

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  • 刘永鑫
  • 发布于 2018-01-18 22:55
  • 阅读 ( 4030 )

TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周,有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据,也有部分同志反应了一些问题,也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本,经过六次的更新,也解决了不少在极端情况下的下载使用问题,现在总结一下问的比较多的软件问题

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-04-11 20:46
  • 阅读 ( 3978 )

批量计算生存分析工具使用例子

以下我们使用GEO的一套数据来演示以下该工具使用 首先我们选择下载GSE25065数据集,下载之后使用GEO芯片数据转换器将数据提取出来,最终我们得到了这两个文件 打开SampleInfo.xls文件找到随访...

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  • 祝让飞
  • 发布于 2017-08-16 15:39
  • 阅读 ( 3951 )