微生物多样性分析神器Qiime的centos 6.7的安装历程

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个专门针对于微生物群落的分析pipline,可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件,QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)是一个专门针对于微生物群落的分析pipline,可以进行OTU,以及多样性分析等等。拥有处理16s rRNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。所谓分析pipline必是集成软件,QIIME也不例外。因此安装起来超级麻烦。

下面记录一下我的艰难历程:

首先根据官网安装教程进行安装,需要先安装miniconda 然后再使用命令安装

conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda

上述步骤非常顺利的安装完成。

随即按照官网测试命令跑一下走通了,兴高采烈的跑程序,建流程木有问题,除了usearch那玩意需要自己配置(看這里)之前,其他的都能够运行完,很easy。

但是,但是。。。。。。。作为处女座的一员总是感觉每次要用Qiime1之前需要输入这命令,感觉好不爽啊,如图:

attachments-2017-05-u8FCqhIr592825f99bb3为此决定试试用pip安装一下qiime1,一下子问题就来了

pip install qiime

第一个过不去,问题如下

attachments-2017-05-9ILQys4A5928266f3d33仔细分析之后,断定安装matplotlib包时应该是缺少freetype,迅速安装freetype:

wget http://download.savannah.gnu.org/releases/freetype/freetype-2.4.0.tar.gz
tar -zxvf freetype-2.4.0.tar.gz
cd freetype-2.4.0
 ./configure 
make && make install

make install时遇到问题:

attachments-2017-05-5Ztcq1M55928290db98c霸道解决:

mkdir -p /usr/local/freetype/include/freetype2/freetype/internal
make install

继续 pip install qiime

又遇到问题:
attachments-2017-05-CxH4X9Y659282a9172de

仔细分析,应该是缺少libX11,运行:

yum install libX11-devel.i686

继续 pip install qiime

就這样成功了,迫不及待检测一下结果


  • 发表于 2017-05-26 21:39
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  • 分类:软件工具

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