线粒体基因组测序策略和方法

背景介绍 线粒体由于其较为保守,常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法,可能大家较为陌生,小编在此简单的介绍下常用的测序策略。 方法 1、第...

背景介绍


线粒体由于其较为保守,常用于物种进化分析和分类研究。而对于线粒体基因组测序分析的常用策略和方法,可能大家较为陌生,小编在此简单的介绍下常用的测序策略。


方法


1、第一代测序技术

主要是基于克隆文库和PCR扩增的方法进行测序,主要的方法包括线粒体分析和不分离两种情况。

(1)物理分离线粒体方法测序

顾名思义,本方法利用物理方法(密度梯度法、差速离心法)获取高纯度的mtDNA,然后利用酶切之后,选择长度合适,克隆到质粒中进行测序。

该方法能够获取较为高质量的mtDNA,但是其操作繁琐、对于人力、物力消耗较高。无法用于大多数物种的线粒体基因组测序。

(2)基于PCR扩增产物直接测序

该方法避免了从样本中直接提取纯化mtDNA的过程,直接利用总的DNA提取物,利用PCR扩增出线粒体特定片段,纯化之后直接测序。

2、二代测序技术

根据是否纯化mtDNA,分为两种。

(1)基于预扩增mtDNA的高通量方法

首先设计引物,将mtDNA识别出来,然后对不同的物种的mtDNA加上PTS(标记),这样一次性可以测定几百个线粒体基因组。

(2)无需预扩增的mtDNA的高通量方法

直接对基因组中所有的DNA序列进行测序,然后利用参考线粒体基因组进行筛选和区分。

其他:利用转录组数据获取线粒体基因组序列。


总结


现在二代测序费用相当便宜了,并且参考基因组相对较多,个人觉得无需预扩增的mtDNA的高通量方法应该会成为线粒体测序的主要策略。


  • 发表于 2017-04-14 11:45
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  • 分类:基因组学

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