BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器

原核生物比较基因组圈图如何展示,BRIG软件教您轻松搞定!

细菌基因组比较分析是时下很火热的研究方向,通过比较能够获得两个或多个基因组之间的共性及异性,在系统进化分析,物种分类鉴定,功能研究等领域中具有重要价值。 如何直观地展示基因组结构之间的相似性?BRIG软件教您轻松搞定。

BRIG是一款功能强大的分析及可视化软件,操作简单,界面友好,能够在一张图中展示近百个基因组比较结果。

接下来让我们来一场与BRIG圈图相约的美妙旅行。

 

    BRIG是由Java 1.6编写的,使用BLASTBasic Local Alignment Search Tool)进行基因组的比对分析并使用CGView进行图像的生成。

1、首先安装JavaBLAST/BLAST+,解压BRIG安装包,双击BRIG.jar,运行BRIG

1)通过Preferences >BRIG options,设置blast+软件路径,如下:

attachments-2018-01-p4tcwIKG5a6ac09f2938d.jpg

2)载入示例文件

    选择载入参考基因组,设置输入文件夹和输出文件夹,单击Add to data pool将输入文件夹中的序列添加到BRIG data pool,单击next

attachments-2018-01-kyYytqPj5a6ac0cdd3255.jpg

3)设置每一圈信息

    Add new ring添加圈,选中data pool中的数据,单击Add data,添加选中的序列。设置完成后单击next。一般设置如下:

Ring1

GC_Skew

Ring2

GC content

Ring3

refgene.fna

Ring4

genome1.fna

Ring5

genome2.fna

……

……

 

attachments-2018-01-kYtRI9Px5a6ac0f5dc490.jpg

4提交任务

    选择图片输出格式:jpgpngsvgsvgz,单击submit,提交比对任务并输出图片。

attachments-2018-01-VFDo5L4r5a6ac11136797.jpg

5)最终输出结果

attachments-2018-01-WkVDhVaH5a6ac1710db50.jpg

2、看着上面的图是不是感觉缺少点什么?是的,缺少注释信息。当序列添加完成后,通过Add custom feature按钮,进入基因注释信息编辑栏。

 

attachments-2018-01-Y32snHpx5a6ac23c4f90a.jpg

注释信息的添加有四种方式,单击Input data下拉栏显示:Single entry(即编辑单个基因)、Tab-delimited(导入xls文件)、Genbank(添加gbk文件)、Embl(添加embl文件)。    

(1)通过xls文件导入自己感兴趣的基因。

    注释信息文件(list.xls)整理如下,共三列:stratendlabel,注意表头一定要添加#,基因起点(start)位置必须小于终止(end)位置。可将正链、负链基因整理成两个list,注释信息可添加成两圈。Input data选择“Tab-delimited”,上传list文件,同时可通过colour对不同基因进行颜色设置。

 

attachments-2018-01-9rCIwcjy5a6ac2677cad1.jpg

 

attachments-2018-01-WT6cU6795a6ac277d7d16.jpg

提交任务后,结果展示如下:

attachments-2018-01-RDvjaEK85a6ac29dba4e6.jpg

attachments-2018-01-MjdaE5T35a6ac2c096334.jpg

2)通过gbk文件导入注释信息

Input data选择GanbankFeature name设置为CDS,通过Browse载入gbk文件。

 

attachments-2018-01-SmpLiv0T5a6ac2e4aaad6.jpg

结果展示:

attachments-2018-01-Plv8Kb835a6ac2fca79c4.jpg


3、注释信息添加完成了,如果我们想知道这段序列的reads覆盖度该如何去做呢?别着急,BRIG中也可导入sam文件,从而显示序列的reads覆盖度信息。

1)创建覆盖度表格文件

    通过Modules > Create graph files,通过下拉菜单选择Coverage graph(支持samace格式文件),选择sam文件,输出文件目录,设置窗口大小为1,单击“Create Graph”完成创建。

attachments-2018-01-QwTG06CA5a6ac3269c238.jpg


2设置参考基因组

选择并设置号参考基因组,同时在data pool中显示我们创建成功的sam.graph文件,单击next

 

attachments-2018-01-NRdVCrRn5a6ac33deb91e.jpg

4)添加比较基因组圈图信息

创建4ring,分别命名为Mapping CoveragepSK57SAP014ACDSring1添加数据Mu50.sam.graphgraph maximum value设置为10ring2ring3分别添加pSK57SAP014A数据,设置完成后点击next并提交。

attachments-2018-01-FV37yqr75a6ac34c31372.jpg


    结果展示:

 

attachments-2018-01-R93rncJV5a6ac36484c5a.jpg

    这项神技能,各位小伙伴们get到了吗?扫码了解更多哦!

attachments-2018-01-xqhybxon5a6ac3b04b82e.png


参考文献:

Beatson SA, Ben ZNL, Petty NK, et al. BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons[J]. Bmc Genomics, 2011, 12(1):402.

  • 发表于 2018-01-26 14:00
  • 阅读 ( 16363 )
  • 分类:基因组学

你可能感兴趣的文章

相关问题

0 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
美吉生物

测序服务

3 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 118 文章
  2. 柚子 91 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. admin 57 文章
  5. 生信分析流 55 文章
  6. SXR 44 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章