TCGA下载工具V12用教程

由于TCGA下载工具之前的版本中用户无法连接TCGA时无法下载,也无法支持GEO数据下载,本次升级将对上述的两个问题进行解决

号外!号外!TCGA下载工具V12的升级版本上线啦,以后将在SangerBox中更新啦!!

首先我们登陆SangerBox -> 其他 -> 生信人VPN定制化客户端(详细操作见下面链接)

生信人VPN定制化客户端教程

目前依本版无法支持GEO数据下载,简单界面如下:

首打开这个软件界面是这样的:

attachments-2018-06-euUxSb7m5b30abf87501e.png

之前因为我电脑无法访问TCGA,所以左侧就刷不出来,不过现在由于我们之前已经提前打开VPN,所以直接检索完成:

attachments-2018-06-Xw8W8dbm5b30ac1119cb1.png

与之前老版本相比,本次的便捷之处在于检索前已经对数据分类:

attachments-2018-06-R2KBWa3U5b30acb2b8aa4.png

比如我们只检索甲基化数据,检索速度更快,没有其他干扰,美美哒!!

attachments-2018-06-G0qRTS8l5b30ad196f376.png

最后合并步骤没有变化,我们使用之前的TCGA-LIHC为例如下:

attachments-2017-11-YdJsDUmR5a0a8692b12da.png

下载完成后选择合并文件:

attachments-2017-11-TpGHW9ri5a0a86a0e0cc8.png

假设我们要下载GSE1234,如下图操作:

attachments-2017-11-n0HREDvz5a0a87592d663.png

V13版TCGA,在兼容性和内存使用上都有较大的提升,请尽量使用新版,当然乳腺癌一千多个样本的合并,这个版本的做了特殊的优化,或许可行。


  • 发表于 2017-11-09 16:05
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  • 分类:软件工具

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